インストール

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$ pip install Sphinx
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$ pip freeze
alabaster==0.7.10
Babel==2.5.3
certifi==2018.4.16
chardet==3.0.4
docutils==0.14
idna==2.6
imagesize==1.0.0
Jinja2==2.10
MarkupSafe==1.0
packaging==17.1
Pygments==2.2.0
pyparsing==2.2.0
pytz==2018.4
requests==2.18.4
six==1.11.0
snowballstemmer==1.2.1
Sphinx==1.7.4
sphinxcontrib-websupport==1.0.1
urllib3==1.22

初期設定

Sphinxの最初の一歩に沿って進めます

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$ sphinx-quickstart

Markdownで書けるようにする

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$ pip install recommonmark
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$ vim conf.py
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# source_suffix = '.rst'        // ←ここはコメントアウト
source_suffix = ['.rst', '.md']

// 追記
source_parsers = {
    '.md': 'recommonmark.parser.CommonMarkParser',
}