例えば、bootstrap.shをエントリポイントとして用意していて

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/path/to/project/
├── app/
├── Dockerfile
├── bootstrap.sh
└── docker-compose.yml

Dockerfileはこんな感じ（Rails）

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FROM ruby:2.5
RUN apt-get update -qq && apt-get install -y build-essential libpq-dev nodejs
RUN mkdir /app
WORKDIR /app
COPY . /app

で、docker-compose.ymlを例えば次のようにした場合

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version: '2'

services:
  web:
    container_name: web
    hostname: web
    build: .
    ports:
      - "13000:3000"
    environment:
      - "TZ=Asia/Tokyo"
    command: /bootstrap.sh
    volumes:
      - .:/app
      - ./bootstrap.sh:/bootstrap.sh
    tty: true

volumesに記載している、/bootstrap.shには、「bootstrap.sh」という名前のディレクトリが作成される

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version: '2'

services:
  web:
    container_name: web
    hostname: web
    build: ${PWD}
    ports:
      - "13000:3000"
    environment:
      - "TZ=Asia/Tokyo"
    command: /bootstrap.sh
    volumes:
      - ${PWD}:/app
      - ${PWD}/bootstrap.sh:/bootstrap.sh
    tty: true

相対パスにあるファイルをマウントするには、このように${PWD}を使用するなりして絶対パスでvolumesの指定を行う

補足

compose format version 3 では相対パスでも問題なかったので、対策がされたのかもしれない

参考：How to mount a single file in a volume

補足(の追記：2018-07-02)

docker-composeで次のようにする場合

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$ docker-compose -f /path/to/AAA/docker-compose.yml -f /path/to/BBB/docker-compose.yml up -d

この時、相対パスで読み込み指定を行っていると、どちらかのymlファイル（おそらく最後に読んだほう。上記では「/path/to/BBB」）のディレクトリがベースとなり実行されるため、期待通りの結果にならない現象に遭遇した。

なので結果的に、どのようなケースでも絶対パスで書く癖をつけとくほうが無難な気がした