以下、リポジトリをbutasan、作る空ブランチをonikuとします

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// clone
$ git clone [butasan PATH]
$ cd butasan

// 空ブランチ作成
$ git checkout --orphan oniku
Switched to a new branch 'oniku'

// 既存ファイル削除
$ git reset --hard

// 既存ファイル削除(の確認)
$ git status
On branch oniku

Initial commit

nothing to commit (create/copy files and use "git add" to track)

// 何でもいいのでファイル追加
$ touch README.md
$ git add README.md

// 何でもいいのでファイル追加(の確認)
$ git status
On branch oniku
Initial commit

Changes to be committed:
(use "git reset HEAD <file>..." to unstage)

new file: README.md

// initial commit
$ git commit -m ":tada: init."
[oniku (root-commit) 79e7d2a] :tada: init.
1 file changed, 1 insertion(+)
create mode 100644 README.md

// initial commit(の確認)
$ git log HEAD
commit 79e7d2a5ea5fdf3a4459a610ec6a7a3afd8c8720
Author: xxxxxxx <xxxxxxxx@example.com>
Date: Thu Nov 1 11:25:47 2018 +0900

:tada: init.