// 空のディレクトリをfindする
$ find . -type d -empty

// 空のディレクトリをfindする＋削除する
$ find . -type d -empty -delete

xargsと組み合わせると便利そうです

// 空のディレクトリを5つ作る
$ mkdir aa bb cc dd ee

// 「cc」にreadme.txtファイルを置く
$ touch cc/readme.txt
$ tree
.
├── aa
├── bb
├── cc
│   └── readme.txt
├── dd
└── ee

5 directories, 1 file

// 空のディレクトリ検索（「cc」はHitしない）
$ find . -type d -empty
./aa
./dd
./bb
./ee

// 空のディレクトリにhoge.txtを作っていく
$ find . -type d -empty | xargs -IXXXX touch XXXX/hoge.txt
$ tree
.
├── aa
│   └── hoge.txt
├── bb
│   └── hoge.txt
├── cc
│   └── readme.txt
├── dd
│   └── hoge.txt
└── ee
    └── hoge.txt

5 directories, 5 files

// hoge.txt削除
$ rm ./*/hoge.txt
$ tree
.
├── aa
├── bb
├── cc
│   └── readme.txt
├── dd
└── ee

5 directories, 1 file

// 空のディレクトリを削除（「cc」だけ残る）
$ find . -type d -empty -delete
$ tree
.
└── cc
    └── readme.txt

1 directory, 1 file